纳税人、扣缴义务人可以直接到税务机关办理纳税申报或者报送代扣代缴、代收代缴税款报告表，也可以按照规定采取邮寄、数据电文或者其他方式办理上述申报、报送事项。税务机关应当建立、健全纳税人自行申报纳税制度。经税务机关批准，纳税人、扣缴义务人可以采取邮寄、数据电文方式办理纳税申报或者报送代扣代缴、代收代缴税款报告表。
纳税人信息资料的收集、整理。包括：基本信息(如纳税人成立、开业的时间、合同、章程等)、纳税人财务制度(包括财务管理制度、资产管理办法等)以及财务报表、纳税申报表等材料。
审计项目分析与评价。运用分析性复核办法，对涉及各税种的审计项目进行趋势、比率及比较分析，寻找可能存在问题的领域，为确认重点审计项目提供依据。
会计制度及内部控制的分析与评价。向纳税人发出纳税人《会计制度和内部控制问卷调查表》，或向纳税人提问会计制度和内部控制的有关问题，分析评价纳税人会计制度及内部控制的有效性、完整性、准确性，为确立重点审计项目提供依据。
顺查法是指按照会计核算程序，从审查原始凭证开始，顺次审查账簿，核对报表，后审查纳税情况的审查方法。适用于审查经济业务量较少的纳税人、扣缴义务人。
逆查法是以会计核算的相反顺序，从分析审查会计报表开始，对于有疑点的地方再进一步审查账簿和凭证。适用于税务师对纳税人、扣缴义务人的税务状况较为了解的情况。