胃镜检查适用于怀疑有上消化道病变的人群，肠镜检查适用于怀疑有肠道方面病变的人群。
胃镜检查借助一条纤细、柔软的管子从口腔进入胃中，胃镜器械的直径一般比较细，可以检查食管、胃部、十二指肠球部及水平部，了解上消化系统是否发生病变。肠镜检查是从肛门插入肠镜，肠镜的器械直径一般比较粗，长度相对长，可以检查直肠、乙状结肠、降结肠、横结肠、升结肠、回肠末端等，了解肠道是否有病变，因此胃镜和肠镜不是同一个仪器。
胃镜检查一般需要在空腹状态下进行，可以清楚观察食管、胃和十二指肠肠黏膜等，检查前还需要使用麻醉药进行浅表麻醉。肠镜检查时需要使用清洁肠道的，可以使大便呈清水样，方便通过肠镜进行观察。
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