北京儿童医院设备先进、设施完善、技术力量雄厚，科室齐全，设有呼吸科、泌尿外科、重症医学科、血液肿瘤中心等35个临床和医技科室。医院拥有国家呼吸系统疾病临床医学研究中心，儿科重症、小儿呼吸、中西医结合儿科、小儿外科和临床护理等5个国家临床重点专科建设项目，还拥有儿童白血病分子分型、小儿耳鼻咽喉头颈外科、儿科呼吸感染等3个北京市重点实验室，北京市儿童外科矫形支具工程技术研究中心以及小儿先天性心脏病中心、小儿实体瘤中心、儿童睡眠疾病中心等1 6个市级医疗中心。在小儿复杂先心病的手术、各类脊柱畸形的矫正、小儿泌尿畸形矫正、腹胸腔镜、急腹症及创伤以及
神经、呼吸、内分泌、肾病、血液透析、耳鼻喉、纤维支气管镜、影像技术等专业疾病的诊断及诊疗设备居国内地位，并率先在国内将儿科就诊年龄扩大到18岁。
医院拥有教育部儿科学国家重点学科和教学团队，是首都医科大学儿科医学院和儿科学系所在地，现有教授、副教授84人，博、硕士研究生导师64人，承担着博士、硕士研究生、七年制儿科专业、护理大中专及继续医学教育等多层次教学任务，并设有博士后流动站，每年为社会输送大量儿科人才。
尿道下裂是小儿泌尿生殖系统常见的畸形之一，占北京儿童医院泌尿外科病房收治病人数量的1/3～1/2，每年住院手术1000人次以上，还不包括几位知名专家外出会诊手术的例数。北京儿童医院泌尿外科团队经过近50年、几代人努力，在尿道下裂上积累了丰富经验，在国内水平。是国内收治病人数量多的科室，尤其重度尿道下裂病例占很大比例。
当爸爸妈妈们发现孩子阴囊，并且触摸睾丸有疼痛时，千万要当心了，有可能是附睾睾丸炎症或者睾丸扭转，而这两种情况都是必须要及时的，即使是疫情期间，也应该做好防护后立即医院急诊就诊，并且在去往医院的路上，暂时不要给孩子进食进水，为可能需要进行的急诊手术做好准备。此外，如果未进行手术的隐睾患儿，发生了腹股沟区(大腿根部内侧)的疼痛，也应及时急诊就诊哦。